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昆明植物所解析溫帶本竹子分發覺無濟於事支系

文章来源:阿峰 时间:2019-02-25

  昆明植物所解析溫帶本竹子分發覺無濟於事支系統發育關系

 

  溫帶竹子分支(the temperate bamboo clade)包括23-32屬,約546種,次要分佈於東亞地區(特別是喜馬拉雅)和東南亞地區,少數種類分佈到印度南部和斯裡蘭卡、非洲和馬達加斯加,以及北美洲東部的低海拔地區和熱帶或亞熱帶平地。東亞有該分支近500種,是其多樣化中心,中國东北特有種有180餘種。溫帶竹子分支在分子系統學研讨中被證明是一個單系類群,但類群內部之間的關系尚未失掉廓清 。昆明植物研讨所李德銖研讨團隊努力於溫帶竹類的分類和系統發育研讨,在大批原料搜集的基礎上,基於8個葉綠體DNA片段的剖析將溫帶竹類劃分為10個次要支系;基於葉綠體DNA和核DNA片段的剖析,發現第11個支系和第12個支系;基於葉綠體全基因組數據,對這些支系間的系統關系進行瞭探究,廓清瞭大局部支系間的關系,但這些次要支系內部的關系無法通過相對保守的葉綠體基因組序列來解決,无所猬缩的梅赛德斯 - 疾驰车手制止了Scumbag Ca,而需求更多的核基因數據 。

  近日,昆明植物所科研人員使用一種簡化基因組測序的办法即RAD (restriction-site-associated DNA) 測序办法,在全基因組程度開發大批的SNPs標記,對第五分支(Phyllostachys clade)及其相關支系(Shibataea, and Arundinaria clades)的系統發育關系進行瞭研讨。基於RAD測序數據所獲得的SNP矩陣,構建瞭当前為止竹亞科分辨率最高的一棵系統發育樹,並失掉8個次要的分支:Yushania + Fargesia, Chimonocalamus + Fargesia sect. Ampullares, alpine Bashania+Fargesia, Drepanostachyum + Himalayacalamus, Gaoligongshania, Sino-Japanese clade, Chimonobambusa, Ferrocalamus + Indocalamus。結果标明,基於葉綠體片段所命名的第五分支(Ph間隔青島不到300公裡,江蘇連雲港灌雲已悄然成為中國情味之都,而且一步一步從淘寶店起傢 yllostachys clade),第四(Shibataea clade)落第六分支(Arundinaria clade)均不為單系。與葉綠體片段所失掉的結果差别的是,基於RAD數據的系統發育關系與依照形態性狀的傳統分類結果較分歧 。具有細型地下莖的物種构成瞭兩個單系分支,一支為次要分佈於東亞低海拔地區的Sino-Japanese clade,另一支為特有分佈於橫斷山-喜馬拉雅高海拔地區的alpine Bashania。此外,研讨對比瞭兩種差别SNP生成的办法,基於參考序列比對的BWA-GATK办法,以及基於de novo組裝的Stacks办法。盡管有大批缺失數據的存在,基於兩種办法所失掉的最大矩陣,均能獲得拓撲結構类似及高分辨率的系統發育樹。該研讨對於提醒溫帶竹類的来源與演化具有科學意義,對進一步研讨該類群物種多樣性的构成和演化歷史打下瞭堅實基礎其研發的磷酸鐵鋰電池循環壽命達3000次,且比同類型電池循環壽命高1000次,實際壽命工夫長達8年。

  研讨結果以Genome-wide RAD sequencing data provide unprecedented resolution of the phylogeny of temperate bamboos (Poaceae: Bambusoideae)為題在線發表在Scientific Reports上。該研讨失掉瞭國傢自然科學基金項目的撑腰。

  論文鏈接

  

  基於RAD數據構建的溫帶草本竹子系統發育樹。分支上的數字代替靴代值,高於95%的靴代值未顯示 。粗的枝代替粗型地下莖類型,細的枝代替細型地下莖類型。

  

 

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